Salut,
C'est tous à fait possible de faire ça en ligne de commande. Il faut juste passer par une boucle, comme avec la commande suivante à recopier dans la console (sur une ligne) :
for /f "tokens=*" %a in ('dir /s /b "c:\dossier_source"') do copy "%a" "c:\dossiercible" /y
La commande FOR permet de boucler sur un fichier ou le résultat d'une commande (ici DIR)
La commande DIR permet de lister un répertoire. Le commutateur /s liste également les sous répertoire et /b n'affiche que les chemins et noms des fichiers...
Et si tu inclus cette ligne dans un script, remplace %a par %%a
Bon courage !