Il y a avec Mame (en tout cas avec SDLmame) une option qui permet d'afficher sous forme de XML les informations d'une ROM ; dans ce XML, il y a un attribut "orientation" (si ma mémoire est bonne) qui représente l'angle de l'écran ; donc si c'est 90° ou 270°, le jeu est pour un écran vertical.
Testé avec ma borne à écran rotatif sur pratiquement tous les jeux !
Tu n'as plus qu'à faire un petit script pour filtrer les roms qui t'intéressent... Sous Linux, je dirais une dizaine de lignes en bash ; pour Windows, vu la pauvreté affligeante de cmd, je m'aiderais sûrement d"un langage de script, comme Ruby ou Python...