Effectivement sur un disque fatigué je pense que dd peut poser des problèmes, puisqu'il clone le contenu exactement à l'identique, y compris la position physique des données sur le media.
Ce n'est qu'une théorie, mais comme les outils comme Partition Magic, Gparted et consorts reconnaissent en général la plupart des filesystems usuels, ils doivent pouvoir marquer un cluster comme défectueux et déplacer le cluster problématique ailleurs. Ainsi ils pourraient effectuer un clonage "intelligent" mais pas forcément exactement à l'identique comme le fait dd.
Sinon, un petit hors sujet pour témoigner de la puissance de dd : je m'en suis servi un jour pour cloner un disque dur par le réseau à chaud (dd | nc), alors que le PC source (un serveur) était opérationnel, pour ne pas avoir à l'arrêter.