Le probleme vient probablement de Winkawaks, qui comme de nombreux émulateurs, reconnaissent le clavier mais aucun autre périphérique (dont les manettes). Donc soit tu fais avec (parce que visiblement l'auteur de Winkawaks n'est pas pres de changer quoi que ce soit dans ce domaine), soit tu passes par joy2key.
Sinon, il existe d'autres interfaces de controles, dont le dual strike, vendu par arcadeforge, qui est reconnu comme interface clavier par ton PC (il marche aussi sur PS3). Mais ayant eu des soucis hardware avec (grillage de chip en ne touchant que les entrées - et je ne suis pas le seul avec ce genre de déboires), je ne recommande pas le produit.
EDIT: Loin de moi l'envie de vouloir changer tes habitudes émulatoires, mais FBA (Final Burn Alpha) reconnait les manettes et sticks arcade très bien.