Bon, j'ai réussi à trouver la solution. Je la donne au cas où quelqu'un aurait le même souci
Tout d'abord, je me suis planté, ça n'est pas Zsnes mais Snes9x que j'utilise !
Dans le menu "Emulation", puis dans "settings" et enfin, dans "Auto-Save S-RAM" on peut paramétrer le délai entre chaque sauvegarde auto. Par défaut, celui-ci est réglé à 30 secondes. Lors de ma dernière sauvegarde je me souviens très bien avoir sauvegardé dans le jeu et avoir quitté dans la foulée... je n'ai sûrement pas laissé le temps à l'ému de sauvegarder (et comme un con, c'était ma première sauvegarde de la journée, si j'avais sauvegardé tous les quarts d'heure, je n'aurais eu aucun souci ^^).
Donc, pour m'éviter ce genre de mésaventure à l'avenir, j'ai réduit le délai à 10 secondes et j'attends un peu avant de quitter l'ému
Désolé si, finalement, je fais un peu de hors sujet par rapport à Hardcade